學院現擁有管理科學與工程和控制科學與工程兩大一級學科。其中管理科學與工程為一級學科博士學位授予點并設有博士后流動站,2006年被評為江蘇省重點學科,主要分為復雜工程項目管理、運營與供應鏈管理、復雜系統分析與優化、金融服務與金融管理四個學科方向??刂瓶茖W與工程為一級學科碩士學位授予點,主要分為管理-控制一體化、智能信息處理與智能系統、復雜系統控制理論與技術三個學科方向。


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